El núcleo de Santa Cilia está situado a 650 m de altitud y su término municipal se encuentra situado en una llanura fluvial, recorrido de Este a Oeste por el río Aragón y la N-240. Por el norte esta limitado por el monte Canet (1249 m), y por el sur por el monte Cuculo (1552 m).

Es un municipio que en estos momentos se está transformando, con varios proyectos muy ambiciosos y vitales para su desarrollo: creación de zonas residenciales, creación de un polígono industrial, sin olvidar su casco urbano que se intenta mejorar y embellecer con sucesivas actuaciones.

En él se encuentran tres zonas claramente diferenciadas: el casco urbano, con su peculiar trama cuadriculada, entre la Plaza Mayor y el río; la zona residencial, de nueva creación y en proceso de construcción, en torno a la Calle Camino de Santiago, la Calle Montes Pirineos y la carretera de Somanés; y la zona industrial, que está en proyecto, a las afueras, próxima a la N-240, Jaca- Pamplona.